โรคทีเกิดจากเชื้อรามีดังนี้

1. เชื้อรากลุ่มแอสเพอร์จิลลัส ( Aspergilus ) : บางส่วนของก้อนเชื้อเห้ดมีสีเขียวเข้มเกือบดำ อาจเกิดที่ส่วนบนใกล้ปากถุงแล้วลุกลามลงไปข้างในก้อนเชื้อ หรืออาจะเกิดจากด้านล่างลุกลามขึ้นไปก็ได้ บางส่วนของถุงเห็ดมีสีน้ำตาลเกิดขึ้น เมื่อนำก้อนเชื้อเห็ดที่มีลักษณะดังกล่างไปแยกเชื้อบริสุทธิ์ พบว่ามีเชื้อรา Aspergillus 3 กลุ่ม คือ Aspergillus flavus , A.fumigatus และ A.niger

2. เชื้อราโบไตรโอดิพโพลเลีย ( Botrydodiplodia ) หรือราดำ : ก้อนขี้เลื่อยในถุงเห็ดจะมีสีน้ำตาลเข้มเกือบดำ โดยเริ่มต้นเชื้อรามีเส้นใยสีขาวก่อน ต่อมาจะขยายกว้างขึ้นเรื่อย ๆ ปกคลุมทั้งก้อน จากนั้นจะเกิดตุ่มนูนเล็ก ๆ สีดำ นูนและดันออกมาจากผิวของถุงพลาสติก จนถุงปริแตกตามรอยนูนนั้น ตุ่มนูนสีดำ คือส่วนขยายพันธุ์ชนิดหนึ่งเรียกว่า pycnidia ซึ่งภายในเป็นที่สร้างสปอร์สำหรับแพร่กระจายขยายพันธ์จำนวนมาก

3. เชื้อรากลุ่มราเขียว หรือ Green Mould (Trichoderma และ Gliocladium ) : สังเกตุการปนเปื้อนได้ง่ายเนื่องจากสปอร์ของเชื้อรามีสีเขียวอ่อน ใส เมื่อเกิดรวมกันหนาแน่นจึงทำให้เห็นเป็นหย่อมสีเขียวมะกอก หรือเขียวเข้มภายในถุงเชื้อเห็ด เริ่มต้นเส้นใยเป็นสีขาว เมื่อเจริญเติบโตดีในก้อนเชื้อเห็ดจะสร้างสปอร์ขยายพันธุ์จำนวนมาก ทำให้เห็ดเป็นสีขาวปนเปื้อนอยู่บนก้อนเชื้อเห็ด เชื้อราเขียวที่พบมีดังนี้

- ราเขียว Trichoderma เช่น Trichoderma hazianum, T.hamatum, T. airepvorode เป็นต้น

- ราเขียว Gliocladium เช่น G. virens ซึ่งยังทำให้เกิดโรคกับเห็ดนางรมได้

- ราเขียวเพนนิซีเลียมและเพซิโลไมซีส ( Penicillium และ Paecilomyces ) : ราทั้ง 2 ชนิดนี้มีลักษณะรูปร่างทางสัณฐานวิทยาคล้ายกันมาก เป็นพวกที่สร้างสปอร์จำนวนมากและเจริญเติบโตอย่างรวดเร็ว

- รา Paecilomyces เป็นราทนร้อน และเป็นราชอบร้อน Thermototerant and Thermophillic ) สามารถทนต่ออุณหภูมิสูงได้ การปนเปื้อนบนก้อนเชื้อเห็ดมีลักษณะเป็นฝุ่นสีซีด ๆ เช่นสีน้ำตาลซีด ปนเหลืองอ่อน หรือสีเหลืองซีดจางๆ และมีเส้นใยแบ่งเขตการเจริญเติบโตของเชื้อเห็ดและเชื้อราอย่างชัดเจน

- รา Penicillium เป็นราชอบอุณหภูมิสูงปานกลาง ลักษณะการปนเปื้อนเป็นหย่อมสีเขียวตองอ่อน สีเหลืองอ่อนอมเขียว สีเทาอ่อน คล้ายฝุ่นเกาะ มักเกิดด้านล่างของถุงเห็ด

4. ราสีส้มหรือราร้อน ( Meurospora sp. ) ราสีส้มมักเกิดเป็นกระจุกบริเวณปากถุงมีลักษระเป็นผงสีชมพูอมส้มหรือเป็นก้อนติดกันสีชมพู บางครั้งอาจพบที่ก้นถุง เชื้อราระยะนี้เป็นระยะที่สร้างส่วนขยายพันธุ์ที่เรียว่าสปอร์ และอยู่ใน anamorpstate จึงมีชื่อเรียกว่า Monilia sp. การระบาดและการปนเปื้อนของราสีส้มทำให้เส้นใยเห็ดเจริญไม่ได้ เนื่องจากรานี้เจริญอย่างรวดเร็ว ปกคลุมเส้นใยเห็ดเสียก่อน

5. ราเมือก ( Slime Mould ) ราเมือกมักเกิดกับถุงเห็ดที่เปิดถุงเก็บดอกไว้นานหลายรุ่นและเป็นถุงที่อยู่ด้านล่างของชั้น มีลักาณะเป็นสีเหลืองชัดเจนที่บริเวณด้านข้างถุง และที่ปากถุง โดยมากมักจะเกิดกับถุงเห็ดภูฏานที่หมดรุ่นแล้ว แต่ยังไม่มีการขนย้ายออกจากโรงเปิดดอก เพื่อทำความสะอาดโรงเรือน

                ราเมือกที่พบเข้าทำลายเห็ดที่เพาะเป็นการค้า มีลักษณะเป็นเมือกเยิ้มเรียกว่าพลาสโมเดียม ( plasmodium) แผ่ขยายหรือเจริญในลักษณะคล้ายรากพืช หรือรูปพัด บางครั้งพบระยะที่สร้างสปอร์แรงเจียม sporangium เป็นกลุ่มก้านชูกลุ่มสปอร์มีลักาณะคล้ายก้านธูป หรือบางชนิดเป็นกลุ่มคล้ายขนมคุกกี้สีเหลือง หรือสีครีมภายในเป็นกลุ่มของสปอร์แห้ง จากการตรวจสอบลักษณะสัณฐานวิทยา และการเจริญของราเมือกที่พบจำแนกได้ เบื้องต้น 4 สกุล ดังนี้

1. สกุล Arcyria : มีการเจริญและเคลื่อนที่คล้ายอะมีบาพลาสโมเดียมแผ่ขยายรัศมี 2.5 ? 10 ซม ลักษณะคล้ายรากพืชสีขาว เป็นมันเยิ้ม อยู่ภายในก้อนเชื้อเห็ดและบนดอกเห็ดในสภาพความชื้นต่ำ หรือขาดอาหาร พลาสโมเดียมจะสร้างเป็นส่วนขยายพันธุ์เรียกว่า สปอร์แรงเจียม เป็นกลุ่มคล้ายหัวไม้ขีดสีเทา มีก้านชูขนาดยาว 5 มล. เส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 0.5-0.7 มล. ภายในมีสปอร์แห้งสีน้ำตาลดำ เมื่อสปอร์งอกใหม่จะเริ่มต้นการเจริญเป็นพลาสโมเดียมหรือลักษณะคล้ายอะมีบาอีกครั้ง

2. สกุล Fuligo: มีการเจริญและเคลื่อนที่คล้ายอะมีบาพลาสโมเดียมแผ่ขยายรัศมี 2.5 -20 ซม. ลักษณะคล้ายรากพืช สีขาว จนถึงสีเหลืองอ่อน เป็นมันเยิ้ม อยู่ภายในก้อนเชื้อเห็ด ในสภาพความชื้นต่ำ หรือขาดอาหาร พลาสโมเดียมจะรวมตัวแล้วสร้างส่วนขยายพันธุ์เรียกว่า สปอร์แรงเจียม เป็นกลุ่มนูนแห้งสีเหลืองหรือขาวครีม ลักษณะคล้ายหมอน ขนาดเท่ากับ ขนาดกลุ่มของพลาสโมเดียมม ภายในมีสปอร์แห้งสีน้ำตาลดำ เมื่อสปอร์งอกใหม่จะเริ่มต้นการเจิรญเป็นพลาสโมเดียมหรือลักษณะคล้ายอะมีบาอีกครั้ง

3. สกุล Physarum : มีการเจริญและเคลื่อนที่คล้ายอะมีบาพลาสโมเดียมแผ่ขยายในลักษณะคล้ายรูปพัด รัศมีกว้าง 15 -20 ซม. สีเหลืองสดเป็นมันเยิ้ม อยู่ภายในก้อนเชื้อเห็ด ในสภาพแวดล้อมที่เหมาะสมต่อการเจริญ พลาสโมเดียมสามารถแผ่ขยายได้กว้างถึง 30 ซม ดำรงชีวิตโดยการกินอนุภาคแบคทีเรีย สปอร์จุลินทรีย์ และเศษซากเล็ก ๆ ของอินทรีย์วัตถุ สภาพความชื้นต่ำ หรือขาดอาหาร พลาสโมเดียมจะรวมตัวแล้วสร้างส่วนขยายพันธุ์เรียกว่า สปอร์แรงเจียม เป็นกลุ่มนูน แห้งสีดำ ลักษณะคล้ายหมอน ขนาดประมาณ 5 -15 มล. ภายในมีสปอร์แห้งสีน้ำตาลดำ เมื่อสปอร์งอกใหม่จะเริ่มต้นการเจริญเป็นเพลาสโมเดียมหรือลักษณะคล้ายอะมีบาอีกครั้ง

4. สกุล Stemonitis : ส่วนใหญพบในระยะสร้างโครงสร้างขยายพันธุ์แบบสปอร์แรงเจียมและเอทัลเลียม sporangium and aethalium สปอร์เมื่ออยู่รวมกันเป็นกลุ่มสีดำหรือสีม่วงเข้มลักษณะสปอร์แรงเจียมมีก้านชู stalked sporangium รูปทรงกระบอกปลายมน มีสีน้ำตาลปนม่วงเข้มจนถึงสีดำ ขนาดความสูง 5 -25 มล. เกิดอยู่รวมกันเป็นกลุ่มใหญ่ บนก้อนเชื้อเห็ดในบางครั้งอาจติดกันแน่น ก้านสูง 1-4 มล. ขนาดเส้นผ่านศูนย์กลางประมาณ 0.7 -1 มล. สีดำเป็นมัน กลุ่มช่อสปอร์ยาวจนเกือบถึงยอดสปอร์แรงเจียมหรือแคปิลลีเทียม มีลักษณะเป็นตาข่ายหรือร่างแห สปอร์สีดำปนม่วงเมื่ออยู่รวมกันเป็นกลุ่มผนังขรุขระตะปุ่มตะปำ wart ขนาดเส้นผ่าศูนย์กลางของสปอร์เท่ากับ 7 -9 ไมครอน เมื่อสภาพความชื้นเหมาะสมเจริญเป็นพลาสโมเดียม มีการเจริญและเคลื่อนที่คล้ายอะมีบา มีสีเหลืองอ่อนหรือขาว แผ่ขยายในลักษณะคล้ายรูปพัด อยู่ภายในก้อนเชื้อเห็ด

ราเมือกเป็นราที่จัดอยู่ในจำพวก (division) myxomycota ชั้น (class) Acrasiomycetes มีลักษณะก้ำกึ่งระหว่างรา และสัตว์ ลักษณะสำคัญของราเมือกคือ ประกอบด้วยเซลล์ที่ไม่มีผนังห่อหุ้ม หรือเรียกว่าเซลล์อะมีบา (bmoeboid cell ) เซลล์เหล่านี้อาจอยู่เดี่ยว ๆ โดยเคลื่อนที่แบบอะมีบา (amoeboid movement) หรืออาจอยู่รวมกันในลักษณะกลุ่มก้อนที่เรียกว่า ซูโดพลาสโมเดียม (pseudoplasmodium ) หรือพลาสโมเดียม ( plasmodium) อาหารที่ได้รับส่วนใหญ่โดยการกินเซลล์ของแบคทีเรียและโปรโตซัว

ราเมือกที่พบในการเพาะเห็ดถุงเป็นราที่พบอาศัยอยู่ในสภาพแวดล้อมหรือโรงเรือนเพาะเห็ดที่มีความชื้นสุง หรือในโรงเรือนที่มีการเก็บก้อนเห็ดเก่าซึ่งเน่าและเอาไว้นาน ๆ หากรักษาสภาพแวดล้อมไม่ให้มีความชื้นแฉะสะสมอยู่หรือเก็บก้อนเห็ดเก่าหรือก้อนเห็ดที่มีราเมือกออกไปทิ้งเสียแล้ว ก็สามารถกำจัดราเมือกไม่ให้เกิดขึ้นหรือลุกลามได้ จากการตรวจค้นเอกสารที่มีการศึกษาในต่างประเทศ และการสำรวจในฟาร์มเพาะเห็ดของเกษตรกรในประเทศไทยพบว่าราเมือกทำให้ดอกเห็ดเน่าเสียหรือมีผลยับยั้งกระบวนการสร้างดอกได้

สำหรับการป้องกันกำจัดนั้นในประเทศไทยยังไม่มีรายงานการศึกษาอย่างเป็นทางการ แต่มีข้อแนะนำจากประเทศไตหวัน ดังนี้

1.เมื่อพบราเมือกในโรงเรือนเพาะเห็ด ให้ลดการให้น้ำในโรงเรือนหรือลดความชื้นในโรงเรือนลง และรีบกำจัดก้อนเชื้อหรือดอกเห็ดออกจากโรงเรือนเพาะเห็ดทันที

2.ใช้เกลือแกงละลายน้ำราดรดบนกลุ่มของราเมือก เพื่อกำจัดราเมือกได้

3.ใช้ปูนขาวโรยบนพื้นโรงเรือนที่พบราเมือก แล้วใช้ทรายกลบทับพื้นอีกครั้งหนึ่ง เพาะทรายจะช่วยดูดซับความชื้นไม่ให้ถ่ายเทไปสู่บริเวณอื่น จึงเป็นการหยุดการแพร่กระจายของราเมือกไปสู่บริเวณอื่นได้เช่นกัน

4.เมื่อนำถุงก้อนเชื้อเห็ด หรือเห็ดที่พบราเมือกออกจากขั้นวางก้อนเชื้อเห็ดแล้ว ควรพ่นหรือราดรดบริเวณนั้นด้วยน้ำคลอรีนแล้วโรยปูนขาวบริเวณเสาของชั้นวางแล้วใช้ทรายกลบพื้นซ้ำอีกครั้งเพื่อหยุดการเจริญแพร่กระจายของราเมือก

สิ่งที่ไม่ควรทำในการขจัดหรือกำจัดราเมือกคือ ห้ามใช้น้ำฉีดพ่นราเมือกให้หมดไปจากผิวดอกเห็ด หรือผิวพลาสติกที่ห่อหุ้มก้อนเชื้อเห็ด เพราะราเมือกเป็นจุลินทรีย์ที่ชอบความชื้นสามารถเจริญและแพร่กระจายได้ดีด้วยน้ำหรือความชื้นสูง

การป้องกันการเกิดเชื้อราปนเปื้อนในการเพาะเห็ดถุง

1. ตรวจสอบความสะอาดและความบริสุทธิ์ของหัวเชื้อก่อนซื้อโดยต้องรู้จักลักษณะเส้นใยของเห็ดและเชื้อปนเปื้อนแต่ละชนิดเป็นอย่างดี

2.การถ่ายเชื้อหรือใส่เชื้อเห็ด ควรทำในห้องที่สะอาด ปราศจากฝุ่นละออง หรือเชื้อโรคอื่น ๆ หรือบริเวณที่ไม่มีลมพัดถ่ายเท

3. คัดแยกถุงเห็ดเสีย ถุงเห็ดแตก และถุงเห็ดที่มีจุกสำลีชื้นไปนึ่งใหม่หรือเผาเพื่อลดการระบาดของเชื้อ

4. รักษาความสะอาดของโรงเพาะ และบริเวณโดยรอบ ๆ ฟาร์มเพาะเห็ด

5. เมื่อเก็บผลผลิตหมดแล้ว ควรพักโรงเพาะเห็ดประมาณ 2- 3 สัปดาห์ เพื่อทำความสะอาดและพ่นยาฆ่าแมลง หรือเชื้อราที่อาจหลงเหลือหรือซุกซ่อนอยู่ตามพื้น และเสา ก่อนนำถุงเห็ดชุดใหม่เข้ามา และถ้าเป็นไปได้ควรแยกโรงบ่มเส้นใยกับโรงเปิดดอกต่างหาก